Il meccanismo dell'evoluzione ipotizzato da Darwin da un lato ha acceso entusiasmi, ma dall'altro ha scatenato accese reazioni, e ambedue le cose si devono al fatto che esso finalmente ha fornito la base per spiegare l'evoluzione.  Paradossalmente, però, proprio quella teoria ha finito per offrire un appiglio per mettere in discussione l'evoluzione. Per carenza di conoscenze, infatti, molti hanno pensato, e pensano, che l'evoluzione si sia svolta, e si svolga, sempre col meccanismo proposto da Darwin; si è pensato cioè che, come le singole specie, anche le grandi linee evolutive (ordini, classi, phyla) si siano originate gradualmente l'una dall'altra attraverso piccole mutazioni sulle quali agisce la selezione da parte dell'ambiente. Qui sono cominciati i guai peggiori per il darwinismo